肾囊肿如果是恶性的，可采取手术切除、射频消融、冷冻消融等治疗措施。
1.手术切除
肾囊肿恶性可通过腹腔镜下肾部分切除术、开放性肾切除术等方法进行治疗。如腹腔镜下肾部分切除术通过微创技术切除病变组织。此方法直接移除肾脏中的恶性肿瘤，以防止其进一步扩散。通过减少癌细胞数量来控制病情发展。适用于确诊为恶性肾囊肿且无远处转移的患者，在早期阶段可提高治愈率。
2.射频消融
射频消融利用高频电流产生热能，局部加热并破坏囊壁及内部结构。例如经皮穿刺肾囊肿射频消融术。通过高温使囊壁凝固坏死，达到缩小囊肿的目的。该技术适合于小到中等大小的良性或低度恶性肾囊肿。对于不适合手术的患者或者希望保留肾脏功能者，射频消融是一种有效的非侵入性治疗方法。
3.冷冻消融
冷冻消融使用液氮或其他制冷剂快速降低囊肿温度，使其内膜冻结后脱落。比如超声引导下的冷冻消融术。低温导致囊壁细胞死亡，从而减小囊肿体积。此法特别适用于较小的、位置较深的肾囊肿。对于无法耐受其他治疗或不愿接受手术的患者，冷冻消融提供了一种相对温和的选择。
面对肾囊肿恶性的情况，应定期复查，监测囊肿变化。同时，保持良好的生活习惯，如戒烟限酒、均衡饮食，有助于延缓疾病进展。