广州花都区的本科大学包括广东第二师范学院花都校区、广东培正学院、华南理工大学广州学院。广东第二师范学院为广东省属普通本科院校，是教育部校长领航工程基地、教育部教师国培计划基地，有海珠、花都两个校区。广东培正学院是经教育部设立的全日制民办普通本科高校，是广东省首批大学生创新创业教育示范学校。广州城市理工学院是教育部批准设立的一所以工科为主，经济、管理、文学、理学、艺术协调发展的多科性应用型大学。