如何用dnaman软件设计引物及找到引物上的酶切位点
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1）PCR 引物设计
首先，将目标 DNA 片段装入 Channel,并激活 Channel。点击主菜单栏中的 Primer 主菜
单，出现下
拉菜单，如下所示：
点击 Design PCR Primers for DNA 命令，出现下列对话框： 参数说明如下：
Primer locations on target 引物定位
其中包括下列选项：
Proct size（扩增目的片段大小）
Sense primer (正向引物选择区)
Antisense primer(反向引物选择区)
Primer 引物特性包括 Length(引物长度)，Tm 值, GC 含量等参数；
Reject primer 引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）
包括下列选项：
3’dimer(可形成 3’端自我互补的碱基数)
Hairpin stem(可形成发卡颈环结构的碱基数)PolyN(多聚碱基)
3’Uique(3’端严格配对碱基数)
Primer-Primer(含义未知)
All matches(引物互补配对百分数)
Consentrations 浓度设定
Proct for hybridyzat（ion） PCR 产物用于 Southern Blot 探针杂交
点击按钮，出现下列对话框：
.选择需要的选项，点击按钮，出现：
点击按钮，完成操作。
2）DNA 序列的*性酶切位点分析
将待分析的序列装入 Channel，点击要分析的 Channel，然后通过 Restriction/Analysis
命令打开对
话框，如下所示：
参数说明如下：
Results 分析结果显示
其中包括：
Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）
Draw restriction map（显示*性酶切图）Draw restriction pattern（显示*性酶
切模式图）
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
Target DNA （目标 DNA 特性）
circular（环型 DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
all DNA in Sequence Channel（选择此项，在 Sequence Channel 中的所有序列将被
分析，如果
选择了 Draw restriction pattern，那么当所有的 channel *有两条 DNA 时，则只能选择两个酶
分析，如果共有三个以上 DNA 时，则只能用一个酶分析。
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：
参数说明如下：
Enzyme
代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz 和
dnamane.enz，
如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中 restrict.enz 数据文件包
含 180 种
*酶，dnamane.enz 数据文件包含 2524 种*酶。选择其中一个数据文件，相应的
酶在左边的
显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白
框中列
出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如 puc18 multiple
cloning sites），
然后点击按钮出现下列对话框：
输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切
位点。
Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），
5’Overhang
（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据 cutter 和 end 的设定情
况,在左边酶列表
中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。
